Vitrifikacija embrija je postupak kojim se višak zametaka i (ili) oocita koji se stvori postupkom MPO pohrani za kasnije korištenje. Embriji se vitrificiraju na -196 stupnjeva. Postupak zamrzavanja i odmrzavanja je strogo kontroliran, kako ne bi došlo do oštećenja ili gubitka embrija. Zamrznuti embriji čuvaju se u specijalnim laboratorijskim posudama, smješteni u tekućem dušiku.
Za svaki embrij posebno je zapisano njegovo porijeklo, faza diobe u kojoj se nalazi te točno vrijeme i datum zamrzavanja.
Zamrzavanje embrija danas je često usmjerenje i vrlo uspješnja tehnologija IVF-a. Mogu se zamrznuti svi stvoreni zametci u IVF kulturi i to u bilo kojoj razvojnoj fazi, ali mogu se pohraniti i zamrznute jajne stanice. Ta je strategija postala moguća tek zadnjih godina jer su rezultati zamrzavanja (vitrifikacija) i FET-a jednako ili bolje uspješni nego svježi ET.
Vitrifikacija je brzo zamrzavanje, tehnologija uspješnija od nekadašnjeg sporog zamrzavanja.